عرف الزعتر في أوروبا، خلال القرون الوسطى، حيث كان يعتبر من النباتات المفيدة وقد زرع في حدائق الأعشاب الخاصة بالرهبان، وكان يستخدم حينها خارجياً لعلاج الآلام، كما توسع استخدامه خلال القرنين السادس عشر والسابع عشر لتشمل تقوية المعدة والرأس وإزالة القروح المعدية والسعال والسل، وطرد السموم، وعلاج العضات السامة، وكدواء مدر للطمث والبول.
كما استخدم الزعتر عند الأطباء العرب قديماً لعلاج مجموعة واسعة من الأمراض، مثل علاج المغص، وللتخلص من التخم بعد الوجبات الثقيلة وإخراج الديدان وزيادة الشهية، وعلاج اليرقان وبعض الأمراض الجلدية، واستخدم موضعياً مع العسل لتخفيف آلام النساء، والمفاصل، وأوجاع الوركين والظهر.